המנהל האזרחי הודה בבג"ץ שהגשנו יחד עם מועצת שומרון, כי הוא מאפשר השלכת פסולת של העיר קלקיליה באתר הלא חוקי "באופן זמני", ומשנע אותה מהמקום בכספי הרשויות הישראליות שתושביהן ממשיכים להיפגע מהעשן. בג"ץ נזף במנהל האזרחי: "המדינה מפרה את החוק"
ועדת הפנים והגנת הסביבה עוסקת רבות במטרד העצום משריפת הפסולת במרחב קו התפר בו פועלות מזבלות רבות. העשן העולה מהן גורם למטרד ריח ולסכנות בריאותיות לעשרות אלפי תושבים המתגוררים במרחב ההשפעה.
אחד המפגעים המרכזיים בסביבה, היא המזבלה הפיראטית של העיר קלקיליה, אשר בניגוד להצהרות המדינה והמנהל האזרחי בבג"ץ, ממשיכה לבעור באופן תקופתי גם בימים האחרונים. יחד עם המועצה האזורית שומרון עתרנו בשנה שעברה נגד המנהל האזרחי המאפשר את המשך פעילות המזבלה, ממנה סובלים תושבים במרחב כפר סבא, כוכב יאיר-צור יגאל, כמו גם היישובים צופים ואלפי מנשה.
בדיון האחרון בבג"ץ הודו במנהל האזרחי כי המזבלה אכן לא חוקית, אלא שמסיבות של "כורח המציאות" ורצון לצמצם את השלכת הפסולת ושריפתה במרחב קלקיליה והכפרים שבסביבתה, התיר המנהל האזרחי לעיריית קלקיליה החל משנת 2010 להפעיל באתר תחנת מעבר פסולת למרות שהמקום איננו מוסדר מבחינה חוקית, על מנת לשנע ממנו את האשפה לאתר סילוק הפסולת החוקי "זהארת אל פינג'אן" הפועל בצפון השומרון.
שינוע האשפה של עיריית קלקיליה ממומן בכספי "קרן הניקיון" מכספי המיסים של רשויות מוניציפליות ישראליות, אך העירייה עצמה לא משתתפת בעלות שינוע האשפה לאתר החוקי. המנהל האזרחי הצהיר בדיון כי ערך סיורים במקום, וכי "התרשמות נציגי איכות הסביבה שפועלת תחנת מעבר, ואין עוד השלכת פסולת או שריפות".
במהלך הדיון התקשתה השופטת יעל וילנר לעכל את עמדת המדינה. "אדוני אומר כי אנו מסדירים זאת באופן בלתי חוקי, כי עדיפה אי חוקיות מאשר אי חוקיות אחרת?! יש הבדל כשהמדינה מפירה את החוק לבין כשהתושבים שם מפירים את החוק. המדינה אומרת: ככה אני מסדירה את זה, זה לא סביר. למה לא לאלצם להסדיר זאת חוקית ולהגיש היתרים"?
השופטים הורו לנו לצרף את עיריית קלקיליה כמשיבה לעתירה, וקבעו כי המדינה ועיריית קלקיליה יעדכנו עד תחילת אוקטובר "לגבי הפעולות הנעשות בשטח על מנת להפחית מפגעים ומטרדים הנובעים מתחנת המעבר".
אלא שמעבר לחוסר החוקיות בפעילות המנהל האזרחי עליה התקומם בג"ץ, המציאות אינה עולה בקנה אחד עם הצהרות המנהל האזרחי. שריפת הפסולת נמשכת לפרקים גם בימים האחרונים, והעשן ממשיך לגרום למטרד ריח ולסכנה בריאותית חמורה לתושבי האזור.
בג"ץ אמר במילים פשוטות: לא ייתכן שהמדינה תפר את החוק. על המנהל האזרחי לסגור את האתר הפיראטי לאלתר, ולאכוף את החוק באופן נוקשה ומרתיע. יש לקזז את עלות שינוע הפסולת של עיריית קלקיליה מכספי הרשות הפלשתינית, ולא מכיסם של האזרחים הישראלים הסובלים מהעשן.